Studia i materiały stanowią zbiór opracowań oraz edycji źródeł, opartych przede wszystkim na zasobach archiwalnych Instytutu Pamięci Narodowej, poddanych krytycznej analizie i uzupełnionych o kwerendę w innych archiwach i zbiorach. Założeniem prezentowanego wydawnictwa jest przedstawienie zarówno przykładów heroicznej i niezłomnej postawy ludzi Kościoła, jak również ukazanie przykładów zdrady i sprzeniewierzenia się powołaniu przez osoby duchowne. W przypadkach uzasadnionych bliskimi związkami z kościelnymi instytucjami, Studia i materiały zajmują się również osobami świeckimi. W cytowanych dokumentach archiwalnych zachowano język oryginałów, poprawiając jedynie błędy ortograficzne, literowe oraz wstawiając znaki interpunkcyjne.
W tomie II znajdują się m.in. rozprawy poświęcone inwigilacji Kościoła krakowskiego w czasie obchodów milenijnych w roku 1966 i działaniom wymierzonym przeciw Arcybiskupiemu Seminarium Duchownemu w Krakowie oraz opracowania dotyczące ks. Józefa Gorzelanego, ks. Józefa Dewera, Edwarda Leśniaka i tajnych współpracowników "Kurowski" ("Wiktor") i "Kos".